平凡的高中生洛璃做梦也想不到，自己居然在某一天被隔壁班的美女同学告白了，而且第二天就进行了初次的约会！
而正当他在约会的那天晚上以为还会和对方更多的发展些什么的时候，意外却降临在了他的身上——名为莉莎酱的美少女，宛如恶魔般贯穿了他的身体，并挖走了他的心脏。
幸运的是，在洛璃认为自己的生命就此终结的时候，某个人却在最关键的那一刻救了他。并且救助他的人是——洛璃一直以来作为女神般瞻仰的学生会会长莫叶。
在进行一段时间的详谈之后，洛璃终于了解到，在这安然的世界背后，暗藏着让人难以置信的生物——天使、恶魔与精灵。每当它们现界活动的时候，都会造成非常大的麻烦。而为了阻止这些危难的发生，人类自发努力，并通过各种方法成立了对抗组织THW与LD。最重要的是，经研究发现，在这些生物的体内，都存在着不同的巨大能量的零子碎片。只要收集相当数量的碎片就可以制造出大空洞，将这些灾害的根..
“为什么会这样....”
“恩，或许对你而言发生的事情还太过于让人难以置信。但是...这的确是涉及到我一直以来所需要执行的任务。”
银发的少女轻轻扬起嘴角，那明亮的绿色眼眸散发着和蔼的笑意。
“那就是——代号：零子计划。”